液浸終齢幼虫全長30mm程度．肢が非常に長いが，爪はあまり長くなく，中肢でふ節第3節長より明らかに短い．腹部背面の正中線は稜状で背棘が第2−10腹節に連なるが，第10腹節の背棘は稜状に後方にほんの少し伸びた程度のものである．側棘は第8，9腹節にある．基部に近い背棘はまっすぐ立ち上がって，鉤状に後方に曲がらないが，末端部へ行くにつれ鉤状に後方に曲がるようになって稜状を呈していく．側刺毛は6本程度で基部に長い1本の刺毛(矢印)があり，これを加えると7本になる．腮刺毛は9−11本程度で，5，6本がほぼ直線上に密に並んでいて，少し離れて残りが連なる．肛上片，肛側片の先端部はだいたい同じ位置にくるが，尾毛はそれらよりやや短い．

　北海道に分布する．本州以南には本種の原名亜種であるコヤマトンボ M. a. amphigena が分布する．本亜種とコヤマトンボは形態的に酷似している．また沖縄本島にはオキナワコヤマトンボ M. kubokaiya ，西表島にはタイワンコヤマトンボ M. clio が分布しているが，エゾコヤマトンボを含めたこれらは分布域が互いに重ならず，同定に関しては実際上の問題はない．

　コヤマトンボはほぼ河川に限定して生息しているが，本亜種は湖や規模の大きな池沼にも生息する．もちろん河川の中流域にも生息しており，さらに小河川にも生息するという(広瀬・伊藤，1993)．湖岸や河川の淵の落ち葉の間などに潜り込んで生活しているという(広瀬・伊藤，1993)．