ヤマトンボ科は，少し前まではエゾトンボ科に含められていた．したがって，エゾトンボ科の検索キーがほとんど当てはまる．詳しくはエゾトンボ科の検索解説を見てほしい．
結論として，エゾトンボ科とヤマトンボ科に共通の，「触角の第1節と第2節の合計長は触角の第1節基部内側から正中線までの距離とほぼ同じかまたは長い」形質と，ヤマトンボに特異的な「後肢腿節長は頭幅最大幅の1.4倍以上ある」形質の2点を確認すれば，ヤマトンボ科の幼虫といえる．特に後者は，他に類似する幼虫はなく，一見すればヤマトンボ科であると判断できるほどである(右図)．さらに，下唇側片前縁の鋸歯または歯列の切れ込みは，下の図01のように，いずれも非常に深い．
結論として，エゾトンボ科とヤマトンボ科に共通の，「触角の第1節と第2節の合計長は触角の第1節基部内側から正中線までの距離とほぼ同じかまたは長い」形質と，ヤマトンボに特異的な「後肢腿節長は頭幅最大幅の1.4倍以上ある」形質の2点を確認すれば，ヤマトンボ科の幼虫といえる．特に後者は，他に類似する幼虫はなく，一見すればヤマトンボ科であると判断できるほどである(右図)．さらに，下唇側片前縁の鋸歯または歯列の切れ込みは，下の図01のように，いずれも非常に深い．
a．肢が長く後肢腿節長は頭幅最大幅の1.4倍以上ある．
b．触角第1節と第2節の合計長pが，第1節基部内側から正中線までの距離rと同じかより長い．
a,b．コヤマトンボ
03．前下唇には腮刺毛も側刺毛もない(a)．・・・オオヤマトンボ属−オオヤマトンボ
− 前下唇には腮刺毛も側刺毛もある(b)．・・・コヤマトンボ属
a.オオヤマトンボの前下唇．b.タイワンコヤマトンボの前下唇．
