河川の中流から上流にかけて生息する種です．兵庫県下では，ヒメクロサナエがいるような源流近くにまで本種が生息していますが，神戸市内ではそのような例はありません．市内の記録は，北区，西区，垂水区にあります．垂水区の記録は今では全くその面影がない名谷町福田川源流（奥畑地域）で，「多数」いたと記録されています（関西トンボ談話会，1974-1979）．西区の記録は明石川だと思われますが，今では全く見つかりません．2010年現在は北区の河川に少しだけ生き残っています．
　神戸市で発見されるニホンカワトンボは，今のところすべて橙色型のオスと淡橙色型のメス（写真）の組み合わせです．