メガネサナエ属3種の区別点として，腹部第9節の最大幅に対する長さの比がよく使われている．生きた終齢幼虫では割合安定した形質であるが，羽化殻は伸長や変形が著しく，計測が困難である場合がほとんどである．羽化殻については大野(2018)が詳細に計測して考察を加えている．それによると，腹部第9節の長さ(背板長)については，平均してみると，メガネサナエ，ナゴヤサナエ，オオサカサナエの順に短くなるものの，メガネサナエとナゴヤサナエ，およびナゴヤサナエとオオサカサナエで計測値の重なりが認められる．ただし，メガネサナエとオオサカサナエでは計測値に重なりはない．したがって，ナゴヤサナエが混じらない地域では，メガネサナエはオオサカサナエより腹部第9節の長さが長いと言える．大野(2018)のグラフからは，メガネサナエが4.0mm前後かそれ以上，オオサカサナエが3.5mm前後かそれ以下となっている．
　一方，形質の違いによってオオサカサナエとメガネサナエを区別する簡便な方法が，小学生の研究によって発見された(白神ら，2014)．メガネサナエ属の下唇側片の内葉片は鈎状に曲がり鋭く尖っていて，可動鈎が重なるように閉じたときにも下唇中片前縁との間にすき間が空く．その際，鈎状の内葉片の重なり具合がメガネサナエとオオサカサナエで異なっているというのだ．内葉片が交差するように重なっておればメガネサナエ，先端が接する程度であればオオサカサナエである．これは可動鈎は両種でほぼ同長なのに内葉片がオオサカサナエの方が短いからである．手元のナゴヤサナエ羽化殻標本について調べてみると，やはりこの重なりはメガネサナエよりはオオサカサナエに近かった．終齢幼虫でも同様であった．