エゾトンボ科幼虫はトンボ科・ヤマトンボ科・ミナミヤマトンボ科幼虫とはっきりとした形態的区別のつけにくい分類群である．かつて，ヤマトンボ科がエゾトンボ科に含められていたという状況の下で，日本産のエゾトンボ科幼虫について他科と区別する形質がいくつか挙げられてきた．それらをまとめると，(1)尾毛の先端位置が肛側片の先端位置の50％を越えること(トラフトンボを除くと60％を越える)，(2)触角第1節と第2節の合計長が，第1節基部内側から正中線までの距離と同じかより長い(Norling，1997)こと，(3)下唇側片前縁の鋸歯または歯列の切れ込みが深いこと，(4)(後肢)腿節の長さが頭幅長を越える(井上・谷，1999)こと，の4点である．
　しかし(1)については，例えばトンボ科ハネビロトンボ属の尾毛先端位置の肛側片先端位置に対する割合は約68％程度あり，その他ウスバキトンボ，チョウトンボ属などのそれも50％を越えており，エゾトンボ科だけの形質ではない．さらにヤマトンボ科も該当する．(2)については，ヤマトンボ科も同様の形質を持っている．(3)については，エゾトンボ科よりヤマトンボ科の幼虫の方がこの切れ込みははるかに深い．またエゾトンボ属のものは他の群に比べると浅く，トンボ科との区別が曖昧になってしまう．一方トンボ科のウスバキトンボはこの切れ込みがかなり深くタカネトンボ以上である．(4)については，ヤマトンボ科は明らかにこの形質を有し，トンボ科にも(後肢)腿節の長さが頭幅長をわずかに越えているものがかなりある．
　以上より，トンボ上科内のエゾトンボ科幼虫だけに有効な単一のキーが存在しないといえる．しかし(2)については，ヤマトンボ科が同じ範疇に入ってしまうものの，(4)の形質で，ヤマトンボ科は後肢腿節長が頭幅長の1.4倍を超え，エゾトンボ科は1.4倍を超えないという区別点があるので，今のところ，以下のような形質をエゾトンボ科の特徴としてまとめることができる．すなわち，「触角第1節と第2節の合計長が，第1節基部内側から正中線までの距離と同じかより長く，後肢腿節長が頭幅長の1.4倍を超えない」ことである．